间谍的任务有两个方向组成，即对内与对外。对内的任务主要作用为防守，称为反间谍，即保护己方的重要设施免受其他间谍的骚扰。对外的任务主要作用为进攻，根据任务目标获取收益或进行骚扰。可以将间谍派遣到我方的一座城市，由于是本方城市，则不需要就职回合数了，但移动一回合数还是需要的。此时可以点击下方单位操作图标，在该城进行反间谍任务。反间谍任务是将间谍布置到该城的普通或特色区域内，以这个区域的地块为中心，其一环内所有地块都受到间谍的保护，降低敌方间谍的行动等级减二。

举个例子，如果将间谍布置在水渠内。此时水渠地块以及一环内的六个地块都受到了该间谍的保护，敌人若在相邻水渠的工业区进行破坏生产的任务，则会使其成功率降低。所以并不是说只要放置了反间谍，敌方间谍就无法搞破坏了，只是敌方间谍在反间谍的范围内行动更容易失败即被抓捕。一般反间谍的布置总是会尝试覆盖到与胜利目标相关联的关键性区域，比如社区、宇航中心、工业区等。一次反间谍任务的持续时间为十六回合，且可以随时终止。

反间谍中，间谍一旦成功抓捕到敌方间谍是可以升级的。将间谍派遣至其他文明，就职完毕后，就可以让间谍花费一定的回合数尝试完成给他的任务了。每一个任务都有其固定需要的回合数，且每个间谍任务都有其固定的成功率。还有外谍的很多任务都是需要前置条件的，比如目标城市拥有商业区，才能让间谍去完成抽取资金的任务。间谍有两个任务是百分百成功的，即获取信息源及情报战。由于这两个任务的成功率为百分百，所以间谍做这两个任务是无法获得经验并升级的。

情报战是当间谍开始做这个任务后，若做该任务的间谍等级大于等于二等级，则额外提升一点外交能见度。能让自己获得更多该文明的讯息，同时能为自己的军队提升战力。每高于对方文明一个级别的外交能见度就加三战力，这对战狂领袖的帮助很大。而获取信息源，可以将这个任务理解为打通关系。当完成该任务后，接下来的二十四回合，该间谍以及我方其他间谍不论自身等级在该城所的任务都会提升两个行动等级。